Program finansowo księgowy S.AXON pozwala na prowadzenie księgowości zgodnie z ustawą o rachunkowości, zintegrowany z pozostałymi modułami systemu informatycznego S.AXON pozwalając na automatyczną dekretację. Rozbudowane analizy finansowe umożliwiają właściwe zarządzanie firmą, a funkcjonalne automaty księgowe zmniejszają ryzyko pomyłki w rozliczeniach. Dokumenty utworzone i zadekretowane w modułach systemu S.AXON od razu widoczne są w programie finansowym i nie jest potrzebne żadne dodatkowe przekazanie do programu finansowego. Moduł finansowo księgowy wraz z JPK umożliwia m.in.:

• definiowanie planu kont w postaci drzewa (z wykorzystaniem słowników), możliwość pracy równoległej w więcej niż jednym roku obrachunkowym, Automatyczna dekretacja dokumentów księgowych wraz z 5-tkami 
• na jednym dokumencie księgowym mogą być ujęte różne stawki VAT;
• Generowanie i wysyłanie pliku JPK; 
• ewidencję dokumentów kasy i banku, wydruk KP/KW,  
• ewidencję PK, wraz z automatami księgowymi; 
• Generowanie i wysyłanie e-Sprawozdań;
• ewidencję i drukowanie faktur sprzedaży i zakupu (także w powiązaniu z magazynem) 
• ewidencję dokumentów kasy i banku z automatyczną dekretacją;  
• eksport elektronicznych przelewów bankowych;
• import wyciągów bankowych;
• weryfikowanie kontrahenta – „Biała lista podatników VAT” 
• wydruk księgi głównej z uwzględnieniem dokumentów magazynowych, płacowych, amortyzacji środków trwałych; 
• automatyczne przenoszenie BO z bilansu zamknięcia roku poprzedniego
• rozbudowany zestaw raportów

Ze względu na fakt, iż Ministerstwo Finansów zapowiedziało szczegółowe kontrolowanie podatników, u których wykryto błędy w wysłanych plikach JPK firma Axon udostępniła nową funkcjonalność umożliwiającą weryfikację statusu podatnika w VAT.